在合同的实际履行中，甲公司依约申请了担保书，××信托投资公司也按照甲公司的申请开具担保书并根据乙公司的要求修改了担保书。之后，合同双方虽就该担保书问题进行协商，但并未就修改第四条的规定达成一致。原合同中关于担保的规定继续有效。甲方申请并开具担保书的行为完成了自身的义务。至此，甲公司已经履约。

二、乙公司已经违反合同规定的义务。

　　合同第二条第2款规定，乙公司在合同生效后3个月内，将合同规定的设备机器附件运送到中国大连港。该合同于1992年6月15日经主管机关批准后正式生效。甲公司并于1992年7月1日开具执行合同的担保书，依据合同，乙公司应当在1992年9月15日前将合同规定的设备和配件运至大连港，但乙公司没有按照此条款履行其交货的义务。

　《涉外经济合同法》第18条规定，当事人一方不履行合同或履行合同义务不符合约定条件的(即违反合同的)，另一方有权要求赔偿损失或者采取其他合理的补救措施。本案中，乙公司以甲公司开具的担保书形式不当为由而不履行合同义务的行为已经违反了合同的规定，属于违约行为，应当承担由此而产生的法律责任。

三、关于乙公司赔偿责任的确定。

　《涉外经济合同法》第19条规定，当事人一方违反合同的赔偿责任，应当相当于另一方因此所受到的损失，但是不得超过违反合同一方订立合同时应当预见到的因违反合同可能造成的损失。

　　关于甲公司在合同签订前为项目的进行而支付的包括可行性研究的费用是否应当得到补偿的问题。甲公司支付的前述费用系为最终履行补偿贸易合同而发生的，如果合同能完全履行，这些费用可以计入甲公司的成本，逐步收回。但由于乙公司违约，合同不能履行，致使甲公司无法收回成本。因此，甲公司的此项要求应当得到支持，乙公司应当赔偿上述费用。

　　关于甲公司要求的预期利润的赔偿问题。如果合同完全履行，甲公司可以得到预期利润，但由于乙公司违反合同，致使甲公司的预期利润不能得到实现，从法律原则和规定上，乙公司应当赔偿甲公司的预期利润的损失。但预期利润的赔偿的原则在于“一方订立合同时应当预见到的因违反合同可能造成的损失”。本案中，影响甲公司实现既定的预期利润的因素有许多，均直接影响甲公司预期利润的数额，而且甲公司未能就预期利润的数额提供依据和证明，不能确定造成的预期利润的具体数额，因此，不应支持甲公司提出的预期利润要求。